معاونت پژوهشی دانشگاه شاهد چشم انداز پژوهشی خود را بر این اساس قرارداده است که:

دانشگاه شاهد مصمم است در تولید و گسترش مرزهای علم نافع، انجام پژوهش های کاربردی و فناورانه، ارتقای سطح و اثرگذاری پژوهش‌ها در رفع نیازهای جامعه و امت اسلامی، کسب مرجعیت در حوزه های منتخب علم و فناوری و نقش آفرینی در تحقق اقتصاد دانش بنیان، انگیزه بخش و سرآمد باشد. وجود ۹ دانشکده، ۱۱ واحد پژوهشی، ۲ مرکز رشد، ۱ مرکز نوآوری، بیش از ۲۵  آزمایشگاه پژوهشی و فعال بودن ۱۸۰ رشته-گرایش تحصیلی زیر مجموعه دو وزارت علوم، تحقیقات و فناوری و وزرات بهداشت درمان و آموزش پزشکی، دانشگاه شاهد را به عنوان تنها دانشگاه جامع کشور، منحصر به فرد نموده است. 

در این زیست‌بوم علم و فناوری دانشگاه جامع شاهد، تولید دانش و فناوری توسط مجموعه‌ای از سرمایه‌های انسانی گرانقدر این دانشگاه از اساتید به نام، دانشمندان ۱% برتر دنیا و فناوران برتر تا دانشجویان تحصیلات تکمیلی و کارشناسی صورت می‌پذیرد. کتابخانه دانشگاه با بیش از ۳۰۰هزار عنوان کتاب چاپی و  _ هزار هستند الکترونیکی منابع مورد نیاز پژوهشگران را در این مسیر فراهم می‌نماید.